對于診斷Wegner肉芽腫所起的作用不大。多數實驗的目的是為了排除其他疾病。Wegner肉芽腫的紅細胞沉降率和C-反應蛋白水平的提高是炎癥的非特異性反應，可用于監測疾病的進展和對治療的反應。肌酐清除率、定性尿化學檢查、尿中紅細胞和管形的沉降試驗對于診斷和隨訪腎小球腎炎患者是必不可少的。Wegner肉芽腫中約3/4最終會累及腎臟。
pANCA對于診斷Wegner肉芽腫不是可靠的指標 因為pANCA在某些需要與Wegner肉芽腫相鑒別的疾病中陽性率更高。抗髓過氧化物酶是顯微鏡下多動脈炎中最常見的自身抗體，它在結締組織疾病 Churg-Strauss綜合征(與哮喘和嗜酸性粒細胞增多有關的一種壞死性血管炎)、藥物引起的狼瘡和炎癥性腸道疾病(尤其是潰瘍性結腸炎)中也可有規律地出現 另一種“pANCA”，即抗乳鐵蛋白，可在20%的類風濕性血管炎患者和50% Felty綜合征患者中出現陽性。
間接免疫熒光試驗是進行ANCA篩查的標準試驗。該技術利用正常外周血粒細胞或人白血病細胞作為底物，并使用幾種常見動物來源之一的抗人熒光標記耦聯的抗體。該試驗的可靠性依賴于所用底物的類型、細胞的來源，固定的方法、孵育和沖洗等技術， 國際研究小組“ANCA試驗標準基金會”提供了試驗參數和其與臨床確切關系的標準 其他一系列檢測ANCA和特殊抗體亞型的試驗也得到發展，包括酶聯免疫試驗(ELISA)、放射免疫試驗 Western印跡試驗及免疫沉淀法。
