尿路感染的病原菌80%～90%由腸道革蘭陰性桿菌引起，最常見的是大腸桿菌，其次為變形桿菌、副大腸桿菌、克雷伯桿菌等，少數為糞鏈球菌、葡萄球菌等，少數患兒免疫力低下時也可由病毒、支原體或真菌引起。感染途徑分為：
1.上行感染
嬰幼兒經常使用尿布或穿開襠褲，尿道口常受糞便和其他不潔物的污染，加上局部防御能力差，易引起上行感染，女孩尿道短，更易感染。另外，在嬰兒時期由于膀胱壁內走行的輸尿管尚未發育完全，輸尿管短或異常，在排尿時輸尿管關閉不全而致逆流，細菌隨逆流的尿液上行引起感染。
2.下行感染
先天畸形及尿路梗阻，如腎盂積水、輸尿管狹窄、多囊腎均可因引流不暢而繼發感染，也可由于結石、腫瘤等原因引起的梗阻使細菌逆流導致尿路感染。
3.血性感染
泌尿系感染可以是嬰幼兒全身敗血癥的一部分及慢性菌血癥患兒伴發癥狀。
