對于西瓜種植而言，對種子進行催芽的好處有很多，最明顯的就是可以提高種子的發芽率，而發芽箱的應用，可以為西瓜種子催芽提供必要的條件，因此可以說發芽箱可提升西瓜種子催芽效果。
西瓜催芽需要滿足一些必要的條件，那就是必要的水分，同時是通過浸種來使種皮和胚吸收水分，軟化種皮，使氧氣容易透過，從而幫助幼胚原生質的活動，加速發芽。另外的條件就是必須要有適宜的溫度、濕度和氧氣，研究表明，催芽時必須保證種子發芽所需的溫度（33~35℃），催芽設施所需濕度不宜過高，透氣性要好，避免發生爛種。但是我們知道如果季節不允許，或者氣候條件不達標的話，那么就很難滿足西瓜種子催芽所需要的某項條件，導致催芽效果不佳，因此為了擺脫自然環境的不定影響，發芽箱便得到了大量的應用。
發芽箱最大的優勢在于其箱體內的溫度、濕度等參數是可以精準調控的，這樣當需要進行西瓜種子催芽的時候，就可以將溫度條件調整在33-35℃的恒溫條件下，同時保持一定的濕度。這樣經過24小時，90%以上有發芽能力的都可發芽，把芽長0.5cm的挑出即可播種，余下的繼續催芽，36小時后，正常種子基本全發芽。催芽48小時后仍不發芽的種子已喪失生活力，不必再催芽。
由此可見，要使西瓜種子更好的發芽，那么就需要發芽箱這樣的恒溫設備來創造必要的條件，提升西瓜種子催芽效果，因此可以發芽箱在現代種子催芽中的應用是非常有必要的，也是目前種子發芽試驗中重要的儀器設備。