真菌感染的發病機制較復雜，尚未完全清楚。感染的發生是病原菌與人體相互作用的結果。
1.機體方面免疫功能低下，尤其是細胞免疫功能受損，吞噬細胞的數量減少，趨化性喪失，殺菌力下降等，是真菌性腸炎發病的主要因素。條件致病性真菌感染的一個特點，就是常發生在有基礎疾病的患者，這些患者的共同之處就是免疫功能低下。
2.菌體方面如白念珠菌細胞壁含甘露糖，能加強其黏附力，且白念珠菌在組織內常呈菌絲體，與酵母體相比，不易被巨噬細胞吞噬。又如莢膜組織胞漿菌被巨噬細胞吞噬后，不易被殺死，可在巨噬細胞內繁殖，導致感染播散。而曲菌內毒素和溶蛋白酶(類胰蛋白酶)則可導致感染灶周圍組織壞死。此外，一次攝入的真菌數量亦可成為感染發生的決定因素。如Krause曾給健康人口服1012CFU(菌落形成單位)的白念珠菌，數小時后發生腸道感染，隨后出現念珠菌菌血癥。
3.醫源性因素如應用廣譜抗生素導致腸道菌群失調，條件致病性真菌過度生長，或腸道手術增加了感染機會。
真菌性腸炎之病理變化，主要見于真菌侵襲腸壁各層。毛霉菌、曲菌和少數由白色念珠菌所致的腸炎，而且還可侵犯漿膜下層及腸系膜的小動脈和小靜脈，破壞管壁引起真菌性脈管炎和真菌性血栓的形成。這些病變在毛霉菌感染時尤為突出。本病有時還可由兩種真菌混合感染，如白色念珠菌合并毛霉菌，或白色念珠菌合并曲菌感染。因此病理檢查時，最好同時結合真菌培養，對病原菌進行分離鑒定，有利于診斷。而真菌感染所引起的肉芽腫和纖維性病灶，在真菌性腸炎中則少見。顯微鏡下所見：腸黏膜有局灶性壞死及潰瘍形成。潰瘍有的表淺，有的深達黏膜下層，有的表面有假膜形成。假膜有大量的真菌、纖維蛋白、壞死組織及少量炎性細胞組成。腸壁各層，尤其是黏膜下層呈充血、水腫及炎性細胞浸潤。炎性細胞多少不一，以中性粒細胞為主，并有單核細胞和淋巴細胞。有時可見到膿腫。