1.病原學檢查由于真菌廣泛分布于自然界，甚至空氣中也常有孢子飛揚，采集糞標本和檢查操作中，應盡可能減少污染，標本要新鮮。有些真菌傳染性很強如莢膜組織胞漿菌，應注意安全防護，以免造成實驗室人員感染。
(1)直接鏡檢標本：以10%氫氧化鉀或生理鹽水制片，高倍鏡下發現大量菌絲和孢子有診斷意義。對于雙相型真菌，僅查到孢子可能是正常帶菌。真菌性腸炎的6種常見病原多數情況下直接鏡檢即可鑒定，但孢子、菌絲和其他背景物質有時相互混淆，不易辨認。
①菌絲和孢子：菌絲粗細一致，除毛霉菌外均有分隔，可見不同角度的分支，細胞質均勻，內含大小不等的顆粒。孢子多為圓形或卵圓形，多數大小一致，邊緣整齊，可見細胞構造。
②細胞壁：在氫氧化鉀溶液處理的標本中，細胞壁常變寬，連接成弧狀，類似菌絲，但無菌絲的構造。
③石棉體：比菌絲更細，不分節，無菌絲顆粒。
④植物纖維：未消化的食物殘渣，邊緣不整，無分支。
⑤脂細胞：圓形，構造模糊，無細胞壁。
⑥磷脂小球：大小不一，形狀不整，無細胞構造。
⑦氫氧化鉀結晶：雪花樣或珊瑚狀，邊緣呈鋸齒形，折光性強。
⑧小水皰：圓形，透亮，無細胞構造。
(2)染色鏡檢常用的染色方法：
①革蘭染色：適用于念珠菌，孢子、菌絲染成藍色，但著色不均。
②過碘酸錫夫染色(PA5)：真菌孢子、菌絲均染成紅色。
③丫啶橙染色：熒光顯微鏡下真菌孢子呈亮綠色。
④吉姆薩染色和瑞特染色：適用于莢膜組織胞漿菌，染色前用甲醇固定，油鏡下菌體染成紅色，較小一端有出芽，菌體周圍有一圈莢膜樣結構，為此菌的細胞壁。通常菌體位于巨噬細胞或單核細胞內，少數位于細胞外。
⑤乳酸酚棉藍染色：適用于各種真菌培養涂片，菌體染成藍色。
(3)真菌培養：糞標本直接鏡檢通常不容易確定菌種，需參考糞培養結果，觀察菌落形態，再挑取菌落染色后鏡檢。常用沙保培養基和血瓊脂培養基。對于雙相型真菌還需在不同溫度下(25℃或37℃)分別培養，以便觀察其形態改變。
①大培養：是鑒別真菌的主要方法之一，可觀察菌落的生長情況。根據菌落的生長速度、形態、色澤等，初步判別菌種。
A.試管斜面：用白金環刺破瓊脂平面，分3點將標本接種于試管斜面培養基上。此法不易污染，但菌落較小。
B.培養皿：分3點將標本接種于平皿培養基中央，倒置后放恒溫箱中培養，每3天觀察1次菌落生長情況。
②小培養：將大培養中生長較好的菌落接種在玻片培養基上。培養1～3天后，在顯微鏡下觀察菌體的特征。
A.點片法：先將少許培養基成形于載玻片中央，再將菌種接種于培養基邊緣。覆以蓋玻片，置于有U形管的玻璃平皿中，培養后于不同時間取出鏡下觀察或染色鏡檢。
B.壓片法：將菌種接種在試管斜面或平皿培養基上，覆一蓋玻片，以便菌體向蓋玻片上生長，然后于適當時間取出置于載玻片上鏡檢。