1.研究發現，潰瘍性結腸炎，克羅恩病和強直性脊柱炎均有家族關系，而且這三種病都與HLA-B27有一定關系，但外顯率并不高，近年來資料證明，腸黏膜的黏液分泌異常與遺傳素質有關。
2.所有結腸炎結腸組織中都存有可與IgG結合的40kD器官特異性蛋白抗原，而克羅恩病的血清中只有抗小腸或大腸組織的糖蛋白抗體，病人的淋巴細胞在組織培養中可損傷結腸上皮細胞，病人的血清中常含有一種或幾種抑制巨噬細胞移動因子，常伴有免疫性疾病，如虹膜睫狀體炎，眼色素層炎，結節性紅斑，自身免疫性溶血性貧血及系統性紅斑狼瘡等，利用免疫學方法已經復制出實驗性潰瘍性結腸炎模型，因此，可以認為本病是由自身免疫機制所引起的。
3.溶菌酶的破壞作用 有人認為腸壁分泌過多的溶菌酶的破壞作用。
4.氧自由基損傷 本病的病變過程，受腸腔內壓增高，交感神經活動加強，內源程序性縮血管物質活性遞升等因素影響，因而使腸血流量降低，或暫時性缺血后出現再灌流現象，引起供氧不足，特別是在腸內黃嘌呤氧化酶等的作用下，可導致大量氧自由基形成，損傷腸黏膜，此時細胞磷脂釋放出花生四烯酸產物，特別是白三烯B4趨化中性粒細胞，因其中有豐富的NADPH氧化酶，可進一步形成氧自由基，加重腸黏膜損傷。
5.老年人潰瘍性結腸炎發病機制和年輕人一樣，至今也不十分明確，最近的研究提示，發病前有三種因素可能對本病發生起部分作用，即吸煙，過度食用精致的糖類，低纖維以及水果和蔬菜攝入過少。