(1)腸鏡檢查：在大多數情況下，需要進行腸鏡和活檢，根據直接觀察和活檢結果可確定病變的類型，部位和范圍，兒童行直腸鏡檢表現焦慮不安時，可用鎮靜劑，據國內283例嬰幼兒內鏡檢查經驗，該檢查是相對安全的，對潰瘍性結腸炎診斷正確性為83.3%，早期內鏡特點有腸黏膜血管紋理消失，黏膜表現為充血，水腫，糜爛及細小潰瘍形成，或黏膜粗糙，質脆易出血，晚期可見黏膜增厚，假息肉形成，腸壁有較大潰瘍和狹窄，但需注意與克羅恩病腸鏡下表現鑒別，小兒克羅恩病內鏡下見腸壁有節段性增厚，黏膜早期病變呈多發性，邊界清晰，隆起性小紅斑，逐漸變成口瘡樣小淺潰瘍，單發或多發縱形潰瘍，其周邊黏膜正常，后期可形成節段，跳躍性腸狹窄及黏膜卵石樣變，有時與潰瘍性結腸炎不易鑒別，但若見瘺管和肛裂，則有利于克羅恩病診斷。
(2)X線檢查：X線在潰瘍性結腸炎早期一般可顯示腸袋邊緣有小鋸齒狀突起，晚期腸袋消失，腸管變形，鋇劑雙重造影可顯示黏膜細微結構的改變及淺小潰瘍，當重度潰瘍活動時，應警惕鋇劑灌腸有誘發結腸擴張，穿孔的可能，需要注意與克羅恩病鑒別，國外小兒胃腸病專家提倡對炎癥性腸病兒童使用上消化道X線檢查，先觀察胃，十二指腸，然后小腸，結腸，有助確定病變范圍，區別潰瘍性結腸炎和克羅恩病，克羅恩病X線可見有腸黏膜不規則結節狀增厚，鵝卵石樣變，或結腸袋增大，多發縱形潰瘍或裂隙狀潰瘍，非對稱性腸腔狹窄，腸壁僵硬或瘺管形成。
