IBD沒有一個能以病征就可以確診的臨床內鏡和組織學特征，因此，醫生必須全面考慮臨床資料和病情演變。
CD的診斷可根據臨床癥狀和體征，結合X線變化特征，如腸狹窄節段刺激征和急速跳躍區的出現等。結腸鏡有助于對結腸受累的病變的診斷，組織活檢可顯示穿壁性炎癥和肉芽腫形成排除感染、寄生蟲、贅生物等病因，出現結腸炎表現的患者可診斷為UC。IBD的疾病分類學依靠臨床描述、內鏡檢查和組織學標準。
