潛伏期長短不一，數日至數周，大多3周以上。
1、無癥狀型：患者感染阿米巴后，糞便中有包囊排出，但無臨床癥狀。其中80%感染的是非致病株，原蟲在腸腔中生長，無抗體形成，呈攜帶狀態；少數患者感染致病性蟲株，但腸道病變局限、表淺，有抗體形成，呈隱匿型感染，可在某些因素影響下轉變成阿米巴痢疾或肝膿腫。
2、普通型：癥狀無特異性。典型表現為阿米巴痢疾，起病緩慢，一般無發熱，呈間歇性腹瀉，發作時有腹脹、輕中度腹絞痛，大便每日數次至10余次。典型的阿米巴痢疾大便量中等，糞質較多，腥臭，血性黏液樣便呈果醬樣。間歇期大便基本正常。體征僅有盲腸、升結腸部位輕度壓痛，偶有肝腫大伴壓痛。癥狀可持續數月至數年。
3、暴發型：病情較重。常因感染嚴重、機體抵抗力差或合并細菌感染所致。半數以上起病突然，高熱，大便每日十幾次以上，排便前有較長時間劇烈的腸絞痛，伴里急后重，糞便量多，呈黏液血性或血水樣，并有嘔吐、失水，迅速發生虛脫，后期可有腸出血、腸穿孔。體檢見腹脹明顯，有彌漫性腹部壓痛，有時相當顯著，甚而疑為腹膜炎，肝腫大常見。如不及時搶救，可于1～2周內死亡。
