治療原則是手術切除腫瘤并在手術后輔以放療及化療。如果術前診斷不太明確，只要病人無手術禁忌證，應爭取手術治療，切除病變并明確診斷。本病好發于食管下段并經常累及近端胃，而且有向食管黏膜下廣泛浸潤的傾向(往往是沿食管縱軸上、下浸潤)，因此手術切除范圍應視術中所見適當擴大，以避免食管切緣有腫瘤組織殘留而影響手術療效，同時要清掃引流區淋巴結。由于食管原發性惡性淋巴瘤的發病率非常低，文獻中報道的例數很少，不同的作者采用的治療方法不盡一致。有的作者采用單純化療，有的作者采用單純食管切除術或局部病變切除術，有的予以單純放療或放、化療綜合治療，有的進行食管切除術并輔以放療及化療。Korst(2002)報道的一組17 例食管原發性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的治療方法如表4，可在臨床實踐中參考。
Korst 報道的(表4)17 例病人除1 例外，其余病人在接受全身化療加局部治療(手術切除腫瘤或放療)或者不加局部治療后都獲得長期生存。Korst 認為根據這組病人的治療效果而言，食管原發性非霍奇金淋巴瘤(NHL)的治療應該首先選擇化療或放療。
最近有的作者報道的資料顯示對某些組織類型的食管原發性非霍奇金淋巴瘤(NHL)通過單純化療可獲得成功，其療效與化療結合放療的病例相同。全身一般狀況差并且年齡大的病例，可用環磷酰胺(cyclophosphamide)進行單一化療。該治療方案也適用于低度惡性(工作分類)的食管原發性淋巴瘤。
有的作者主張食管原發性惡性淋巴瘤導致食管梗阻、病人有吞咽困難癥狀者，應進行外科手術治療。術后病理檢查證實有局部淋巴結轉移者，宜輔以放療。放療組織量一般為40Gy。與非霍奇金淋巴瘤(NHL)一樣，食管原發性霍奇金淋巴瘤(HD)也表現為食管黏膜下腫瘤，如果內鏡活檢診斷明確，全身其他部位無轉移瘤，也應該首選外科手術切除腫瘤食管，療效滿意，病人可獲得長期生存。有的作者則主張放療。理由是通過放療，病人同樣可以達到長期生存的目的。