小兒得了急性菌痢后應該積極治療，除了注意休息，飲食以流質或半流質之外，還要進行藥物治療，一般可選用復方甲基異惡唑、磷霉素、多粘菌素等。
如果治療不徹底，細菌可產生耐藥性，或小兒本身患有營養不良、免疫低下及有寄生蟲病并存等因素，可使病程遷延而變成慢性菌痢。慢性菌痢的主要表現為腹瀉遷延不愈，為粘液膿性便或成形便常帶粘液和少量膿血，時有腹痛、腹脹等癥狀。值得注意的是，為大便次數多，明顯的粘液便，但全身中毒癥狀不明顯。
小兒急性菌痢轉為慢性后，應注意生活有規律，避免患兒吃得過飽或過少，以少渣、易消化的食物為宜。抗菌藥物的療程應適當延長，對反復或持久不愈者，除全身藥物治療外，可采用局部灌腸治療。同時可服用維生素B、胃蛋白酶、胰酶等。病人與帶菌者為菌痢的傳染源。主要通過污染的食物、飲水傳播，還可通過生活接觸及蒼蠅傳播。要預防菌痢，首先應隔離患兒，患兒的排泄物及污染物品必須隨時消毒治療結束后，停藥3天再作大便培養，連續3次陰性，方可解除隔離。此外，要從小養成良好的個人衛生習慣，飯前便后洗手，不吃不潔食物，加強環境衛生，消滅蒼蠅，保護食品、水源免受污染。
