1.普通型菌痢
夏秋季發病，有腹瀉伴發熱、糞便帶黏液膿血，大便鏡檢每高倍視野膿細胞>15個并見有紅細胞，即可臨床診斷。但確診要靠大便培養，應取新鮮糞標本，及時接種，可提高培養陽性率。
（1）侵襲性大腸桿菌腸炎也表現為發熱、腹瀉和膿血便，鑒別主要依靠大便培養，本病糞培養痢疾桿菌陰性，但發現有大腸桿菌，再用此大腸桿菌菌液滴入豚鼠眼結膜囊內24小時后如發現豚鼠結膜充血有炎癥反應，即可確診。
（2）空腸彎曲菌腸炎糞培養為空腸彎曲菌（需采用微需氧43℃培養法）。
（3）沙門氏菌腸炎本病以小嬰兒多見，準確鑒別也需要糞培養。
2.中毒性菌痢
發展快，突發高熱，糞便（可用肛拭子或灌腸取糞便）檢查發現較多白細胞及紅細胞，具有以下情況之一并排除其他疾病，即可診斷：
（1）有中樞神經系統中毒癥狀如精神萎靡、嗜睡、躁動、譫妄、抽搐伴昏睡或昏迷等。
（2）循環系統癥狀如面色蒼白、四肢發涼、脈弱、脈壓變小，血壓下降等。
（3）呼吸系統癥狀如呼吸淺快不規則、嘆息樣呼吸、雙吸氣、呼吸減慢、呼吸暫停等。