1.單純性腎囊腫一般無臨床癥狀，不影響腎功能，因此預后良好，也不影響患者的壽命。
2.多囊腎患者腎功能常呈漸進性減退，在無降壓治療時，同一家族的患者在相似的年齡段均進入尿毒癥階段。但在30%的多囊腎家族，也可在80～90歲仍未進入終末期腎衰。說明本病預后不一致。如經積極治療，預后可以改觀。
3.腎髓質囊性病患者臨床表現和預后差異很大。有的預后良好，很少發生腎功能不全，有的呈慢性進行性腎功能不全，有不少不到青少年即出現腎功能不全。
