對不符合上述單純內科治療標準的患者應進行外科治療以取得盡可能好的結果。外科治療常用兩種方法：腦立體定向穿刺抽膿或膿腫切除。在CT引導下穿刺抽膿一般安全準確、快速有效，并發癥和死亡率低。引流膿液病原學檢查可快速明確致病菌并進行藥敏試驗，從而避免經驗選用抗生素的潛在危險，缺點是某些病例需要反復吸膿，這樣會造成更多的組織損傷和出血。手術切除腦膿腫的適應證如下：
（1）真菌或蠕蟲膿腫，病人對藥物治療無效。
（2）后顱窩膿腫。
（3）多腔性膿腫。
（4）穿刺吸膿效果不佳。
