預后：在考慮對盆底綜合征患者進行手術之前，應先進行生物反饋療法。這是一種需用在生理治療學家的詳細指導下方能進行的訓練活動，通過有針對地對盆底進行鍛煉，對便秘及肛門疼痛均有一定的療效。對經過上述治療失敗的患者，仍應十分慎重地選取擇期手術治療，即使便秘患者合并有嚴重的肛門疼痛，也不能把消除疼痛作為手術治療的終極目標。目前所做的直腸肌分裂術及肛門內括約肌切除術的療效也不十分確切。
預防：對引發盆底綜合征的病因疾病進行預防和有效的治療。
