1、腸癆：以腹痛、腹瀉，或便秘腹瀉交替，低熱，盜汗等為主要表現。常有癆病史，結核菌素試驗強陽性。X線鋇餐檢查及結腸鏡檢見病變不呈節段性分布，活檢發現干酪樣肉芽腫，可見到結核桿菌等以資鑒別。
2、大瘕泄：腹痛及包塊多在左下腹，常有里急后重，大便有粘液膿血，X線及內鏡檢查見結腸為彌慢性病變，一般無腸腔狹窄。
3、腸癌：多見于中年以上，以大便變形或夾有膿血，下腹痛并捫及包塊為特征。
X線鋇灌腸見局限性充盈缺損，內窺鏡及活檢發現癌腫病變。
4、腸癰：急起發病，右少腹疼痛、壓痛或反跳痛，或觸及包塊，發熱，血液檢查白細胞總數及中性粒細胞計數明顯升高，腹瀉少見等可資鑒別。
5、小腸癉：好發于兒童與青年，常有暴飲暴食及飲食不潔史，驟發腹痛，以左上腹和左中腹為主，大便呈血水樣或暗紅色糊狀、腥臭，伴高熱、嗜睡、譫妄、面白肢冷、脈微細等溫毒厥脫表現。
6、休息痢：以左下腹痛為主，腹瀉為粘液膿血便，糞便檢查或培養陽性及腸鏡檢查可以確診。