病因復雜，國內外對病因分類的方法也不完全相同，主要可分為肝細胞損害，肝內膽管及肝外膽管疾病三大類，僅就其中一些主要病因分述于下：
1.肝外膽管疾病
膽道閉鎖、膽總管囊腫、膽管狹窄、自發性膽管穿孔、膽汁黏稠、膽石癥、外源性壓迫等。
2.肝內疾病
（1）與感染有關的膽汁淤積 病毒感染（巨細胞病毒、單純皰疹病毒、風疹病毒、乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒等），弓形蟲感染，梅毒螺旋體感染。細菌感染（大腸桿菌、葡萄球菌等）。
（2）與胃腸道外營養相關的膽汁淤積（PNAC）
（3）毒性作用 藥物（利福平，硫唑嘌呤、紅霉素、呋喃妥因等）所致的膽汁淤積。
（4）基因、染色體病 21三體綜合征、18三體綜合征，Citrin缺乏所致新生兒肝內膽汁淤積癥。
（5）代謝性疾病 ①糖代謝障礙，主要是半乳糖血癥、遺傳性果糖不耐受癥、糖原累積病。②氨基酸代謝障礙，包括酪氨酸血癥、高蛋氨酸血癥。③脂質代謝障礙，包括膽固醇沉積病、尼曼匹克病、戈謝病。④原發性膽汁酸代謝障礙。⑤過氧化酶體病，包括肝腦腎綜合征等。⑥內分泌疾病，包括甲狀腺功能低下、特發性垂體功能減退。⑦其他代謝性疾病，主要有肝豆狀核變性、αl抗胰蛋白酶（αlAT）缺乏癥、囊性纖維病、新生兒鐵沉積病、Dubin—Johnson綜合征、先天性肝纖維化、Nielsen綜合征，以及進行性家族性肝內膽汁淤積等。
（6）肝內膽管疾病 非癥狀性肝內膽管減少、肝內膽管發育不良或缺如、硬化性膽管炎、郎罕細胞性組織細胞增生癥等。
