乙型溶血性鏈球菌為急性腭扁桃體炎的主要致病菌。非溶血性鏈球菌、葡萄球菌、肺炎雙球菌、流感桿菌及腺病毒等也可引起本病。細菌和病毒混合感染者亦較多見。近年來，還發現有厭氧菌感菌感染病例。
上述病原體存在于正常人的口腔及扁桃體內而不會致病，當某些因素使全身或局部的抵抗力降低時，病原體方能侵入體內，或原有細菌大量繁殖而致病。而受涼、潮濕、疲勞過度、煙酒過度、有害氣體等均可為誘因。有時則為急性傳染病的前驅癥狀，如麻疹及猩紅熱等。急性腭扁桃體炎往往是在慢性扁桃體基礎上反復急性發作。
急性腭扁桃體炎的病原體可通過飛沫、食物或直接接觸而傳染，故有傳染性。
