此期的特點為腸粘膜上皮增生，潰瘍底部出現肉芽組織，潰瘍周圍有纖維組織增生。組織破壞與愈合常同時存在，使腸壁增厚，腸腔狹窄。結締組織偶呈腫瘤樣增殖，成為阿米巴瘤，多見于肛門、肛門直甩交接處、橫結腸及盲腸。阿米巴瘤有時極大、質硬，難以同大腸癌腫相鑒別。
阿米巴滋養體可進入門靜脈血流，在肝內形成膿腫，且可以栓子形式流入肺、腦、脾等組織與器官，形式膿腫。
