阿米巴腸病潛伏期長短不一，自1～2周至數月以上不等，雖然患者早已受到溶組織內阿米巴包囊感染，僅以共棲生存，當宿主抵抗力減弱以及腸道內感染等，臨床上始出現癥狀。根據臨床表現不同，分為以下類型：
一無癥狀的帶蟲者
患者雖然受到溶組織內阿米巴的感染，而阿米巴原蟲僅作共棲存在，約有90%以上的人不產生癥狀而成為包囊攜帶者。在適當條件下即可侵襲組織，引起病變，出現癥狀。因此，從控制傳染源及防止引起致病的觀點出發，以于包囊攜帶者應引起足夠的重視，必須給予治療。
二急性非典型阿米巴腸病
發病較緩慢，無明顯全身癥狀，可有腹部不知，僅有稀便，有時腹瀉，每日數次，但缺乏典型的痢疾樣糞便，而與一般腸炎相似，大便檢查可發現滋養體。
三急性典型阿米巴腸病
起病往往緩慢，以腹痛腹瀉開始，大便次數逐漸增加，每日可達10～15次之多，便時有不同程度的腹痛與里急后重，后者表示病變已波及直腸。大便帶血和粘液，多呈暗紅色或紫紅色，糊狀，具有腥臭味，病情較者可為血便，或白色粘液上覆蓋有少許鮮紅色血液。患者全身癥狀一般較輕，在早期體溫和白細胞計數可有升高，糞便中可查到滋養體。
四急性暴發型阿米巴腸病
起病急劇，全身營養狀況差，重病容，中毒癥狀顯著，高熱，寒戰、譫妄、腹痛、里急后重明顯，大便為膿血便，有惡臭，亦可呈水樣或轎水樣便，每日可達20次以上，伴嘔吐、虛脫，有不同程度的脫水與電解質紊亂。血液檢查中性粒細胞增多。易并發腸出血或甩穿孔，如不及時處理可于1～2周內因毒血癥而死亡。
五慢性遷延型阿米巴腸病
通常為急性感染的延續，腹瀉與便秘交替出現，病程持續數月甚至數年不愈，在間歇期間，可以健康如常。復發常以飲食不當、暴飲暴食、飲酒、受寒、疲勞等為誘因，每日腹瀉3～5次，大便呈黃糊狀，可查到滋養體或包囊。患者常伴有臍擊或下腹部鈍痛，有不同程度的貧血、消瘦、營養不良等。