由于引起細菌性腹瀉的原因在于外源細菌的侵入或正常細菌的易位、比例失調等，均導致腸道正常菌群的破壞，腸道微生態的失衡，故近年來細菌感染性腹瀉的治療中推薦微生態療法，目的是恢復腸道正常菌群，重建腸道生物屏障，拮抗病原菌定植侵襲，有利于腹瀉的控制。常用制劑有益生菌和益生元，益生菌如雙歧桿菌、乳酸菌等。益生元包括乳果糖、果寡糖、菊糖等。但是注意口服活菌制劑應與抗生素間隔2小時左右，以免活菌被殺滅，影響療效。
