肥胖癥從病因角度分為單純性肥胖與繼發性肥胖。單純性肥胖不是一種內分泌疾病，但有許多內分泌激素的變化，因此與某些內分泌疾病有許多相似之處，鑒別診斷有時比較困難。
1.庫欣綜合征 呈向心性肥胖，肥胖程度一般不超過中度，皮膚紫紋常見，女性患者可有小胡須、痤瘡等男性化表現。常有脊椎骨質疏松、尿鈣增高。血漿皮質醇增高，且晝夜變化節律消失，如為腎上腺皮質腫瘤，地塞米松試驗可不被抑制。
2.甲狀腺機能低下(簡稱甲低或甲減) 甲低體重增加是因黏液性水腫引起，不是真正肥胖。患者表情淡漠，皮膚干燥無汗，頭發、眉毛(尤其外1/3)脫落，甲狀腺激素(T3、T4)水平降低，促甲狀腺激素(TSH)升高，甲狀腺吸131I率降低等均有助于與肥胖癥鑒別。
3.下丘腦綜合征 下丘腦有兩種調節攝食活動的神經核：腹外側核為饑餓中心，腹內側核為飽滿中心，這兩個中心受高級神經的調節，精神緊張、精神刺激均可刺激饑餓中心產生饑餓感,從而進食增多,引起肥胖。下丘腦本身發生病變，如炎癥、外傷、出血、腫瘤等均可侵犯并破壞飽滿中心，使人心失去飽滿感而進食不止，發生肥胖地，可根據病史、頭顱CT或MRI及必要的靶腺內分泌試驗加以鑒別。
4．胰島B細胞瘤(胰島素瘤) 常因反復低血糖，患者為預防低血糖發作，多進食而致肥胖，可依據反復低血糖、高胰島素血癥及胰腺CT或MRI加以鑒別。
5．水鈉潴留性肥胖癥 無明顯內分泌紊亂，下午肢腫，清晨減輕，可做立臥位水試驗加以鑒別。
