酒精性脂肪肝的發病機制是乙醇在肝細胞內的代謝而引起的，進入肝細胞的乙醇先轉變呈乙醛，再轉變成乙酸，使肝內脂肪肝代謝發生障礙，氧化減弱，使中性脂肪堆積于肝細胞中，并促進脂肪酸的合成，使脂肪在肝細胞中堆積而發生脂肪變性，最終導致脂肪肝的形成。進入體內的酒精90%在肝臟代謝，它能影響脂肪代謝的各個環節，最終導致肝內脂肪堆積。可能與下列因素有關：
1、酒精對肝臟有直接損害作用，其損傷機理是酒精在肝細胞內代謝而引起。進入肝細胞的酒精，在乙醇脫氫酶和微粒體乙醇氧化酶系的作用下轉變為乙醛，再轉變為乙酸，還原性輔酶Ⅰ(NADH)與反應性輔酶Ⅰ(NAD)比值的升高可抑制線粒體三羧酸循環，使肝內脂肪酸代謝發生障礙，氧化減弱，使中性脂肪堆積于肝細胞中。另外，NADH的增多又促進脂肪酸的合成，從而使脂肪在肝細胞中堆積而發生脂肪變性，最終導致脂肪肝形成。
2、大量飲酒使體內氧化磷酸化和脂肪酸β氧化受損，使血液和肝細胞內游離脂肪酸增加。
3、酒精有特異性增加膽堿需要量的作用，而膽堿是合成磷脂的原料之一，而磷脂又是合成脂蛋白的重要原料，故磷脂的不足影響了脂蛋白的合成，從而影響了脂肪從肝中順利運出而形成脂肪肝。
4、大劑量乙醇刺激腎上腺及垂體腎上腺軸，從而增加脂肪組織分解率，源于此的脂肪酸又被肝臟攝取，使肝內甘油三酯合成率增加并堆積，又因極低密度脂蛋白(VLDL)缺乏載脂蛋白使其分泌有障礙，而產生脂肪肝。
5、長期飲酒可誘導肝微粒體中細胞色素P450的活性，其活性增加可加重乙醇及其代謝物對肝臟的毒性作用，使肝臟內皮細胞窗孔變多變大，結果導致富含甘油三酯的乳糜微粒及其大的殘骸被肝細胞引入，肝細胞攝取脂肪增多，促進了脂肪肝形成。
6、免疫機制。既有細胞免疫改變也有體液免疫改變，引起細胞、組織的炎癥、溶解和壞死。酒精作為一種半抗原與抗體形成復合物，引起自身免疫反應。