這種色譜的流動相和固定相都是液體，樣品分子在兩個液相之間很快達到平衡分配，利用各組分在兩相中分配系數的差異進行分離，類似于萃取過程。
一般常用的固定液有β,β'-氧二丙腈(ODPN)、聚乙二醇(PEG400～4000)、三甲撐乙二醇(TMG)和角鯊烷(SQ)。采用與氣相色譜(GC)同樣的方法，將固定液涂漬在多孔的載體表面，但在使用中固定液易流失。目前，應用較多的是鍵合固定相。在這種固體相中，固定液不是涂在載體表面，而是通過化學反應在純硅膠顆粒表面鍵合上某種有機基團。
