核酸疫苗的研究只是近十幾年發展起來的一項新的生物技術，它已成為疫苗研究領域中的熱點之一，特別是其研究方向與世界衛生組織兒童疫苗計劃的長遠目標（用一種疫苗預防多種疾病）相吻合。現在已獲得了迅速的發展。它的研究具有深遠意義，可用于細菌、病毒、寄生蟲等多種疾病的防治，其多價、高效、廉價等優點使其潛在的應用價值不可估量。核酸疫苗可能對人類疾病的防治以及畜牧業的健康發展起到劃時代的作用。
目前，人們對核酸疫苗的研究日益深入，其中艾滋病和T細胞淋巴瘤的核酸疫苗已進入了臨床前階段，前列腺癌、肺癌、乳腺癌等核酸疫苗也正處于研究階段。美國FAD已批準乙肝疫苗等10余種DNA疫苗進入臨床試驗，這預示核酸疫苗在21將成為人類和動物與各種疾病抗爭的有利武器，也顯示出核酸疫苗的巨大潛力和應用前景。
但是，人們對DNA免疫的作用機理和如何提高免疫水平仍然需要進一步研究。如外源DNA進入體內后，就無法認定控制其免疫途徑，外源DNA在體內各器官是否表達，攝入DNA后如何進行抗原呈遞？如何增強其免疫應答水平？同時DNA疫苗的構建以及生產方面還存在需要改進的地方。盡管核酸疫苗接種后引進的宿主細胞發生惡性轉化的可能性很少，但在短期內很難代替目前大量使用的傳統疫苗。
總之，核酸疫苗的未來研究方向是要朝著理想疫苗的方向發展，即從疫苗本身的角度出發，要朝向“原始疫苗的方向”發展，即注重個性，得到全息多表位的疫苗，還要注重載體及佐劑的研究。為此，要尋求病毒粒子中與致病力密切相關的安全性問題能夠得到解決，再加上目前最有效的基因免疫接種方法——基因槍疫苗接種能夠解決注射疫苗的費時、費力和需要反復注射（特別是對于動物）等問題，那么核酸疫苗就會成為疫苗的新希望，可能導致疫苗領域的一場革命。