沙眼衣原體新生兒肺炎主要見于2~12周新生兒及嬰兒,大多數無發熱,起始癥狀通常是鼻炎,伴鼻腔黏液性分泌物和鼻塞,隨后發展為斷續的咳嗽,呼吸急促,可聞及肺部啰音,可伴有心肌炎和胸腔積液,半數患兒可伴有急性包涵體性結膜炎,成人免疫抑制患者可見咽炎,支氣管炎和肺炎等呼吸道感染,可有干咳,發熱,肌痛,寒戰,咯血和胸痛。