目前尚缺乏特效治療，應強調一般及支持療法，可試用利巴韋林或干擾素。新生兒心肌炎的進展迅速，應給氧及保持安靜，出現心力衰竭時及早采用快速洋地黃療法。給予適當的抗菌藥物以防止繼發細菌感染。有驚厥及嚴重肌痛者給予鎮靜劑或普魯卡因局部封閉，麻醉劑如嗎啡、哌替啶等不宜輕易采用。
腎上腺皮質激素可考慮用于心肌炎伴心力衰竭、心源性休克、嚴重心律失常（如高度房室傳導阻滯、病態竇房結綜合征等）、心包炎患者，可望取得一定效果。鑒于此激素可抑制機體免疫功能，有利于病毒的復制，因此一般病例不宜采用。
