柯薩奇病毒及埃可病毒是本病征常見的病原，曾在世界各地引起數次大流行。其次是腮腺炎病毒。少數為其他病毒引起，如單純皰疹病毒、淋巴脈絡叢腦膜炎病毒、蟲媒病毒、腺病毒、EB病毒，此外還有鉤端螺旋體、急性細菌感染等。上海市用病毒分離和雙份血清檢查，在明確病原的79例小兒無菌性腦膜炎中，柯薩奇病毒和埃可病毒引起者占67例(上海醫科大學兒科醫院，1974)。1960年Meyer等對430例無菌性腦膜炎作了研究，確定病原的305例中柯薩奇病毒和埃可病毒占42%，脊髓灰質炎占12%，腮腺炎病毒占22%，淋巴脈絡叢腦膜炎病毒占12%，少數為單純皰疹病毒和鉤端螺旋體。
柯薩奇病毒B組的6個型、A組及埃可病毒中的許多型都可以引起無菌性腦膜炎，其中柯薩奇A7，9，柯薩奇B2，3，4，埃可病毒4，6，9，11，16，30可引起流行，尤以埃可9流行的報道最多。脊髓灰質炎的各個型均可引起無菌性腦膜炎，但其重要性最近已大為減少。