抗體一般是由于外來蛋白質或其他物質（尤其是致病菌）進入機體后由免疫系統產生，用于免疫反應以消滅外來的有害物質。通常情況下，免疫系統能夠識別并忽視機體自身的細胞，并不對其產生抗體；同時，免疫系統也不會對環境中沒有威脅的物質（如食物），產生過度反應。但是，在特定情況下，免疫系統對于機體自身的物質的識別失效，把它們認為是外來的入侵物，從而產生針對這些物質的抗體（即自身抗體），引發自身免疫。這些自身抗體會攻擊機體自身的細胞、組織、器官，引起炎癥反應，對機體造成損害。
自身抗體的產生可能是致病抗原(細菌、病毒等)與自身成分之間存在某些相同的分子結構：出現了與自身抗原發生交叉反應的免疫應答；也可能是某些感染因素使自身抗原變性，免疫系統對這些暴露的新抗原產生自身抗體。
自身抗體致病作用尚不清楚，它究竟是自身免疫疾病的“原因”還是“后果”有不同看法，對有高滴度自身抗體，而無臨床癥狀者可不必治療，但應定期到醫院隨診復查。
