海馬特殊的生殖方式亦引人注目，是由母海馬將卵產在雄海馬腹中之育兒囊（孵卵囊），經2到3周的懷卵期，再由公海馬孵出小海馬。海馬的繁殖期是在每年的5到8月之間。在此期間海馬群會向較淺的海域移動，尋找較合適的生產環境，其生存水深約 10-30米之間。普通交配及生產溫度約於 26-29 ℃（亦有些例外）。剛初生的小海馬體長約0.6-0.8厘米左右，其體長與種雄海馬體長有密切的關系；出生后的小海馬會呆在爸爸的育兒袋里面，這期間海馬媽媽把卵產在海馬爸爸腹部的育兒袋中，卵經過50-60天，幼魚就會從海馬爸爸的育兒袋中生出，所以說是海馬爸爸負責育兒，雖然爸爸不是真的生小孩，但是孵化還是需要爸爸來完成。