由于先天性解剖變異和（或）后天性因素引起局部解剖的改變，使腸系膜上動脈壓迫十二指腸水平部，導致十二指腸淤滯和擴張。
先天解剖變異
（1）腸系膜上動脈和腹主動脈之間的角度過小：十二指腸水平部位于腹膜后，從右至左橫跨第三腰椎和腹主動脈，其上前方有腸系膜上動脈血管神經鞘騎跨。腸系膜上動脈一般在第一腰椎水平處分出，與腹主動脈呈50°～60°角。正常成人在十二指腸水平部前方有時可見腸系膜上動脈的壓跡，如果腸系膜上動脈和腹主動脈之間的角度過小，或腸系膜上動脈從腹主動脈的分支部位過低，可壓迫從中間通過的十二指腸引起梗阻癥狀。
（2）十二指腸位置高：由于十二指腸懸韌帶過短或增厚，致使十二指腸位置較高，引起腸系膜上動脈對十二指腸壓迫癥狀。
（3）脊柱前突：脊柱前突導致腸系膜上動脈和腹主動脈之間的角度過小。
其他導致腸系膜上動脈壓迫十二指腸的情況
（1）瘦長體型：瘦長體型及各種原因的消瘦可以削弱腸系膜對十二指腸水平部的支撐作用，內臟下垂牽拉腸系膜常為本病的重要病因。
（2）手術后粘連：腹腔內手術后粘連牽拉腸系膜可造成腸系膜上動脈對十二指腸水平部的明顯壓迫。