僅用在有并發癥和手術指征的患者。
（1）手術方法與指征 ①腎臟病變切除術 全腎切除術適用于一側腎病變嚴重，而對側腎功能無明顯損害者。一側腎臟病變嚴重，同時有膀胱攣縮及對側腎盂積水，腎功能正常者，仍可先行腎切除，若有腎功能不全，可先做簡單的尿引流手術，使腎功能恢復正常，然后再做腎切除術。對局限于腎臟一部分的病變，且與腎盂相溝通者，藥物治療大多能治愈，極少或只需要做部分腎切除。②腎病灶清除術 適用于腎結核的閉合性膿腔，由導管注入異煙肼（5%）、利福平（1%）或鏈霉素。最大限度地保留功能性腎組織。③糾正上尿路梗阻 經化療梗阻仍持續存在，可行腎盂成形術或輸尿管再植術等。④膀胱攣縮的手術處理 嚴重膀胱攣縮可行腸、盲腸或結腸膀胱成形術。⑤雙腎結核引起終末期腎衰竭 血液凈化或腎移植。
（2）手術禁忌證 ①雙腎嚴重病變。②全身情況不良，或有腎外結核仍處于進展期。③單側腎結核可由化療治愈者。
