同葡萄球菌引起的腎皮質膿腫一樣，大腸桿菌感染所致的腎皮質髓膿腫有時也僅需抗生素治療，而不必引流。急性局灶性細菌性腎炎并輕度液化且局限于腎實質的小膿腫也一般不必引流。但對病情嚴重者需作腎切除治療。
進行抗生素治療時，開始可選用氨芐青霉素(1g，靜脈注射，4～6小時1次)，或先鋒霉素V(1g，靜脈注射，每8小時1次)，在治療時可與氨基糖甙類聯合用藥，慶大霉素或妥布霉素(1mg/kg)靜脈注射，8小時1次，如果腎功能減退則適當調整劑量。在用藥過程中根據臨床療效或藥敏試驗結果，聯合用藥或作適當的調整。癥狀減輕，熱退48小時以后或影象檢查證實病情好轉者，可改為口服或肌注。
