軍團菌病（legionnaires' disease）即軍團菌肺炎，是由革蘭陰性嗜肺軍團菌所引起。該細菌是一種新型的致病菌，能引起肺炎和龐提阿克熱兩種感染。
本病的病原菌為軍團菌，軍團菌含有多種外毒素與內毒素，幾種毒素的共同作用才引起疾病。嗜肺軍團菌通過空氣傳播進入肺部，細菌進入肺組織后，病變主要位于肺泡，由肺泡逆行至呼吸性細支氣管，再到較大的小支氣管；少數延及間質或胸膜，淋巴管，胸導管與血循環，進入血液循環至肝、脾、腎和中樞神經系統等，造成多臟器損害。
兒童感染軍團菌的危險因素有吸煙、被動吸煙、慢性疾病及應用免疫抑制劑。新生兒軍團菌的高危因素有早產、先天性心臟病、支氣管發育不良和接受激素治療。