1.血常規 常見血白細胞計數增高(＞10×109/L)。中性粒細胞數增高，或伴核左移。若白細胞數＞20×109/L或＜4×109/L，中性粒細胞計數＜1×109/L表示病情嚴重；淋巴細胞減少，絕對計數＜1000/dl，CD4＜200/dl提示HⅣ感染可能。血小板計數降低應警惕彌漫性血管內凝血可能，應作進一步檢查。貧血提示合并慢性疾病或支原體感染可能。
2.血氣分析 幫助判斷病情嚴重程度。病員在呼吸空氣條件下，動脈血氧分壓(PaO2)＜60mmHg，伴或不伴PaCO2＞50mmHg，或PaO2/FiO2＜300。
3.血電解質及肝、腎功能檢查等 全面評估病情，及時發現機體內環境紊亂和多臟器功能障礙的出現，及時采取相應搶救措施具有十分重要意義。
4.病原學檢查 病原學檢查對醫院獲得性肺炎的診斷提供重要依據，對合理選用抗菌藥物進行治療起關鍵指導作用。通常采用痰液標本做檢查，但痰液標本受上呼吸道分泌物污染，故診斷的敏感性和特異性均不高，近年開展許多減少標本受污染機會的檢查方法，如氣管穿刺吸引(tracheal aspirate，TA)，支氣管肺泡灌洗(bronchoalveolar lavage，BAL)，保護性支氣管肺泡灌洗(protected bronchoalveolar lavage，PBAL)，保護性標本刷(protected specimen brush，PSB)，經胸壁針刺抽吸(transthoracic needle aspiration，TNA)，經支氣管鏡活檢(transbronchial biopsy，ITB)，經胸腔鏡活檢和開胸肺活檢(open lung biopsy)等。
(1)痰液：取痰液標本作病原學檢查，方法簡便，無創傷性，而節省經費，因此應用普遍。但是痰液標本易受上呼吸道分泌物污染，因此可靠性不高，許多研究均發現痰培養結果與保護性刷檢和開胸肺活檢所得結果不一致。為盡量爭取得到較滿意的檢驗結果，采集痰標本前應囑病人先漱口，然后用力咳出深部痰液，并應對痰液標本作涂片革蘭染色，鏡檢篩選，如鏡檢是鱗狀上皮細胞＜10個/低倍視野，多核白細胞＞25個/低倍視野，或二者比例＜1∶2.5，表示痰液自深部咳出，適宜作進一步培養檢查，痰液標本應迅速送檢。除作常規培養外，應根據臨床需要選用適當的培養基，如真菌、分枝桿菌、病毒等，另外應盡量在應用抗生素前取標本作病原學檢查。盡管經過各種防污染和篩選方法，其確診率亦僅50%左右，因此應結合臨床作全面分析。
(2)防污染技術采集下呼吸道分泌物：目前較普遍開展經纖維支氣管鏡作支氣管肺泡灌洗或保護性標本刷取標本的防污染措施，取得較滿意的敏感性和特異性。瑞金醫院肺科對醫院獲得性肺炎患者用保護性標本刷(PSB)采集標本作細菌培養，并與用支氣管肺泡灌洗(BAL)取標本和痰液標本的細菌學培養結果作比較，痰培養陽性結果僅25%為致病菌，BAL培養陽性結果中71%為致病菌，PSB培養結果中81.2%為致病菌。BAL和PSB兩種方法取標本減少了標本受上呼吸道寄生菌污染的機會。用PSB取標本的診斷特異性高，但因采取標本量較少，診斷敏感性較低。而BAL取標本涉及范圍較廣，且標本取量亦較多，因此陽性率較高。采用定量培養法，以菌落計數103CFU/ml作陽性診斷標準，可得到較滿意的診斷敏感性和特異性。據一組524例呼吸機肺炎薈萃分析，用PSB取標本作定量培養，以細菌數＞103 CFU/ml作為陽性，診斷敏感率達90%，而特異性達94.5%。另據報道采用保護性(防污染)支氣管肺泡灌洗法取標本，診斷敏感性達97%，特異性達92%。對于接受機械通氣治療的患者，則可以通過人工氣道(氣管插管)直接進行保護性支氣管肺泡灌洗或經導管如頂端置栓防污染的彎曲導管吸引取標本作細菌學檢查。
經纖支鏡作灌洗或刷檢取標本屬侵襲性檢查，對機體可能造成不良影響，例如引起心律失常，支氣管痙攣，低氧血癥，出血和發熱等。因此應嚴格掌握適應證，規范檢查操作，嚴密監護和觀察。檢查的相對禁忌證為：①嚴重低氧血癥吸純氧(FIO21.0)時，動脈血氧分壓(Pa02)低于75mmHg；②嚴重支氣管痙攣；③急性心肌缺血(急性心肌梗死，不穩定性心絞痛)；④嚴重低血壓，用升壓藥時平均動脈壓＜65mmHg；⑤顱內壓增高；⑥嚴重出血體質。
經氣管穿刺抽吸法(TTA)曾一度在20世紀70～80年代使用，但假陽性率高，特異性低，且引起病人不適，易引起出血和氣胸等并發癥，目前已很少采用。經胸腔穿刺活檢更多用于伴胸腔積液的患者，而胸腔鏡肺活檢和開胸肺活檢診斷陽性率和特異性均高，但創傷性較大，適用于嚴重免疫抑制、機會性感染的高危患者。取肺組織標本作進一步檢查，包括卡氏肺孢子蟲，巨細胞病毒和曲霉菌感染等，并用作鑒別非感染性肺病。