微生物（細菌）是引發牙周炎的始動因子。堆積在牙與牙齦交界處的牙面和牙齦溝內的菌斑微生物及其產物引發牙齦的炎癥和腫脹，使局部微生態環境更利于一些牙周致病菌滋生，由牙齦上向齦下擴延。它們所引起的炎癥范圍擴大到深部組織，導致牙周組織的破壞。凡是能加重菌斑滯留的因素，如牙石、不良修復體、食物嵌塞（塞牙）、牙排列不齊、解剖形態的異常等，均可成為牙周炎的局部促進因素，加重和加速牙周炎的進展。
牙周炎是多因素疾病，某些全身性疾病如糖尿病等也會對牙周炎有負面影響。目前認為沒有哪種全身性疾病或功能紊亂會直接導致慢性牙周炎的發生。此外，某些環境因素和行為因素如吸煙、精神壓力等可能是危險因素。近年來發現遺傳背景也可能與慢性牙周炎有關。
