血管母細胞瘤可以選擇兩種基本的治療方法。第一種是開刀將影響到腦或是脊髓的腫瘤切除掉。如果病患的血管母細胞瘤可以完全切除，而且在疾病分類上不是屬于von Hippel Lindau的話，這個病患就算是治愈了。
在一些典型囊泡狀血管母細胞瘤的病患中，只有固體狀腫瘤的部分是需要移除掉，至於囊泡狀腫瘤的部分，則是在手術中引流出來，而且這囊泡將會在腫瘤被移除後消失。
假如血管母細胞瘤無法整個切除掉，腫瘤有可能會重新生長或是會有更多的囊泡產生。任何的腦部或是脊髓的手術都是具有侵入性的，并且有一定的風險，例如中風、感染、麻醉的并發癥或是神經學上的缺損。盡管如此，透過現今的神經外科設備，大多數的血管母細胞瘤是可以安全地移除的。
相對於開腦手術，立體定位放射線手術可以用來定位和破壞血管母細胞瘤。
單一劑量的放射線手術會造成細胞逐漸死亡，然後細胞自然萎縮。在血管母細胞瘤的病患中，只有固體狀腫瘤的部分是需要用放射線手術來切除的；囊狀液的量會慢慢地減少產生，最後囊泡會逐漸變小。