應區分為不同情況，采取不同的治療策略。
（1）急性致命性感染
某些原發性免疫缺陷好發突然的、難治性感染，常可致命。如Wiskot-Aldrich患者易患肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌和其他有莢膜細菌的感染。抗菌治療應根據最可能的病原菌選擇覆蓋這些病原菌的強效殺菌劑靜脈給藥，同時補充免疫球蛋白。在獲得病原學診斷后則改為針對性更強、更敏感的抗菌治療。慢性肉芽腫病常發生嚴重的葡萄球菌肺炎或其他部位感染，應選用耐酶青霉素或聯合利福平。
（2）急性非重癥感染
抗體缺乏以及吞噬細胞功能障礙患者經常發生急性呼吸道感染，包括鼻竇炎、中耳炎、乳突炎、支氣管炎和肺炎。這些感染雖然不是立即致命性的，但反復發作，不僅影響患者生命質量，而且還會造成呼吸器官結構和功能的損害。肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、化膿性鏈球菌、金黃色葡萄球和奈瑟菌屬的某些細菌是常見病原體。抗生素治療的困難在于這些患者反復應用抗生素，耐藥率上升。故培養分離致病菌和抗生素藥敏試驗對正確選擇抗菌治療十分重要。
（3）慢性感染及其并發癥上述急性感染 常常反復發作，很容易釀成慢性，導致肺纖維化、支氣管擴張和肺功能損害等，并威脅生命。除在急性感染應給予充分抗菌治療外，患者應每年隨訪胸片和肺功能。有人主張定期間歇使用或長期應用抗生素預防，目前尚無定論。