經一千多年的臨床實踐證明，本品對神經系統疾病有顯著的臨床療效，另外本品對高血壓、腦溢血、神經性頭痛等癥也有較好的療效。
1、用于中風，半身不遂，口眼歪斜，神經性頭痛，面癱等神經功能障礙疾病。能有效改善神經營養，恢復神經傳導功能。
2、用于腦梗塞、腦溢血等各種缺血性腦病和出血性腦病,能促進腦血栓的吸收，減小腦梗塞面積，改善腦細胞的供血供氧。
3、用于昏迷、譫語、躁狂、精神失常等神經精神疾病，安神開竅，能調節中樞神經功能，改善各種腦部病變引起的行為改變。
4、對于中老年人普遍存在的血壓、血脂偏高，血管硬化的情況，能降低血壓、血脂，軟化血管，預防動脈粥樣硬化，降低腦血管意外的發病率。
西藏自治區藏醫院、成都軍區總醫院、華西第四醫院在使用二十五味珍珠丸治療腦血管疾病后，對該產品的療效給予肯定。癥狀改善有效率在93%以上。神經功能缺損方面有效率在90%以上。患者做了三大常規及肝、腎功的檢查，未發現有毒副作用。所以在臨床中可以長期服用。
1、查馳（腦出血）：
126例，其中蛛網膜下腔出血12例，基底節去出血68例、丘腦出血12例、腦室出血12例、內囊出血10例、外囊出血2例、殼核出血2例。主要以口服藏藥調“隆”、“血”，并以醒腦、開竅、安神、健腦、防治并發癥等藏西結合治療，清晨服二十五味珍珠丸1丸，中午服用十八味降香丸4丸、晚上服用二十五味珊瑚丸1丸平均治療30天后結果痊愈36例，顯效60例，好轉20例，無效10例，總有效率92%。
2、腦供血不足：
藏醫治療左側頸內動脈末端、右側大腦后動脈、動脈供血不足2例，心電圖示竇性心動過緩。口服清晨以二十五味珍珠丸和二十五味珊瑚丸交替服用，后兩周用常松八味沉香散。以上癥狀明顯好轉，無再復發。
3、杰司（癲癇病）：
臨床病例60例，病程最長10年，最短3年，口服二十五味珍珠丸1丸。根據病情加減二十五味珊瑚丸，同時服用七十味珍珠丸（然納桑培咔嚓丸），療程1-3個月，結果顯效25例，有效35例，總有效率96%。
4、坐骨神經痛：
治療坐骨神經痛患者58例，屬左腿痛40例，右腿痛18例，兼有腰痛16例。內服二十五味珍珠丸、二十五味珊瑚丸、珍寶丸，疼痛劇烈者加七十味珍珠丸（然納桑培咔嚓丸）。治療最短7天，最長30天。結果：治愈32例，有效26例有效率100%。
5、腦梗死：
治療腦梗死23例，顱腦CT定位有右側腦梗死12例，左側8例，雙側3例；既往有高血壓病9例，患冠心病9例，糖尿病5例。每日早上服用二十五味珊瑚丸1丸、晚上服用二十五味珍珠丸1丸，根據病情程度同時口服然納桑培咔嚓丸，3個月為一個療程。配合艾灸治療。經治療半年內23例腦梗死患者中治愈5例（21.7%），顯效11例(47.8%），有效6例（26%）無效1例（4.34%），總有效率達95.16%。