1.自然分娩時，產婦子宮頸、陰道的病原菌污染嬰兒眼部而被感染。如產婦陰道的衣原體檢查為陽性，經陰道分娩的嬰兒70%都可能被感染，其中18%～50%會發生“新生兒衣原體結膜炎”。引發新生兒結膜炎的病原體有細菌、衣原體和病毒，細菌主要為金黃色葡萄球菌、流感桿菌、淋球菌、肺炎球菌、大腸桿菌。引起新生兒結膜炎的衣原體稱沙眼衣原體。病毒引起的以單純皰疹病毒多見。
2.新生兒淚腺尚未發育完善，眼淚較少，不易將侵入的病菌沖洗掉，病原體在眼部繁殖發生結膜炎。
3. 新生兒免疫力低下，對病菌的抵抗力太弱，對成人和大一些兒童不會致病的細菌，也可能讓新生兒遭受感染。