視病情輕重、有無痰菌和細菌耐藥情況，以及經濟狀況、藥源供應等，選擇化療方案。無論選擇何種，必須符合前述化療原則方能奏效。
1、初治方案
未經抗結核藥物治療的病例中，有的痰結核菌陽性（涂陽），病情較重，有傳染性；也有的涂片陰性，病變范圍不大，所用化療方案亦有強弱不同。
初治涂陽病例，不論其培養是否為陽性，均可用以異煙肼（H）、利福平（R）及吡嗪酰胺（Z）組合為基礎的6個月短成化療方案。痰菌常很快轉陰，療程短，便于隨訪管理。
（1）前2個月強化期用鏈霉素（或乙胺丁醇）、異煙肼、利福平及吡嗪酰胺，每日1次；后4個月繼續用4個月繼續用異煙肼及利福平，每日1次，以2S（E）HRZ/4HR表示。
（2）亦可在鞏固期隔日用藥（即每日用藥3次），以2S（E）HRZ/4H3R3。（右下角數字為每周用藥次數）。
（3）亦可全程間歇用藥，以2S3（E3）H3R3Z3/4H3R3表示。
（4）強化期用異煙肼、鏈霉素及對氨基水楊酸鈉（或乙胺丁醇），鞏固期用2種藥10個月，以2HSP（E）/10HP（E）表示。
（5）強化期1個月用異煙肼、鏈霉素，鞏固期11個月每周用藥2次，以1HS/11H2S2表示。
以上（1）、（2）、（3）為短程化療方案，（4）、（5）為“標準方案”。若條件許可，盡量使用短程化療方案。
初治涂陰培陰患者，除粟粒性肺結核或有明顯空洞患者可采用初治涂陽的方案外，可用以下化療方案：①2SHRZ/ZH2R2；②3H2R2Z2/2H2R2（全程隔日應用）；③1SH/11HP（或E）。
對初治患者，國際防癆及肺病聯合會推薦的適用于國家防癆的化學方案，可供制定治療方案時參考。
2.復治方案
初治化療不合理，結核菌產生繼發耐藥，痰菌持續陽性，病變遷延反復。復治病例應選擇聯用敏感藥物。藥物敏感試驗有助于選擇用藥，但費時較久、費用較大。臨床上多根據患者以往用藥情況，選擇過去未用過的或很少用過的，或曾規則聯合使用過藥物（可能其致病仍對之敏感），另訂方案，聯合二種或二種以上敏感藥物。
復治病例，一般可用以下方案：
（1）2S（E）HRZ/2HR，督促化療，保證規律用藥。6個月療程結束時，若痰菌仍未轉陰，鞏固期可延長2個月。如延長治療仍痰菌持續陽性，可采用下列復治方案。
（2）初治規則治療失敗的患者，可用2S3H3Z3E3/6H3R3E3。
（3）慢性排菌者可用敏感的一線藥與二線藥聯用，如卡那霉素（K）、丙硫異煙胺（1321Th）、卷曲霉素（Cp），應嚴密觀察藥物不良反應，療程以6－12個月為宜。氟喹諾酮類有中等度抗結核作用，對常用藥物已產生耐藥的病例，可將其加入聯用方案。若痰菌轉陰轉，或出現嚴重不良反應，均為停藥指征。