采收
一般栽培6年左右收獲。有經驗的藥農為使根莖粗壯分枝多，每年在植株基部培土1—3厘米，從薄到厚逐年增加，這樣挖出的生藥呈褐黃色如雞爪。秋季采挖，除去須根及泥沙，曬干或烘干，撞去殘留須根。形如雞爪，命名為“雞爪黃連”。根莖長3－6厘米。表面灰黃色，粗糙，有不規則結節狀隆起，有須根殘莖，偶有平滑莖桿。質硬，斷面不齊，木部鮮黃色，呈放射狀排列，髓部有的中空。氣微，味極苦。
炮制
將鮮黃連直接置于炕房內炕干。當炕至黃連一折就斷時，趁熱放入槽籠內來回撞擊，撞去附著的泥沙、須根及葉柄，即成干黃連。 在中國唐代有炒法。中國宋代有酒炒、姜炒、蜜制、米泔制、麩炒、制炭、吳茱萸制、巴豆制等炮制方法。中國元代增加了土炒、童便制等法。中國明、清以后又增加了醋制、鹽制、乳制、黃土姜酒蜜制、膽汁制，酒萸制等方法。并對其炮制目的有較多闡述，如：黃連入手少陰心經，為治火之主藥，治本臟之火，則生用之，治肝膽之實火，則以豬膽汁浸炒，治肝膽之虛火，則以醋浸炒，治上焦之火，則以酒炒，治中焦之火，則以姜汁炒，治下焦之火，則以鹽水或樸硝研細調水和炒，治氣分濕熱之火，則以茱萸湯浸炒，治血分塊中伏火，則以干漆末調水炒，治食積之火，則以黃土研細調水和炒。現行，有酒洗、酒拌、姜汁拌、吳茱萸拌、酒炒、醋炒、鹽水炒等炮制方法。 炮制方法為：凈制除去雜質。潤透后切薄片，晾干，或用時搗碎。