子宮黏膜下肌瘤的處理應視患者的癥狀、體征、年齡、生育要求和是否伴有子宮壁間或漿膜下肌瘤等因素綜合評估而定。如僅是單一性黏膜下肌瘤脫入子宮頸管或陰道內,經陰道切除即可。如是體積不大的偏黏膜下單一性肌瘤,仍可經陰道切開子宮頸挖除肌瘤。如體積較大無法經陰道切除,應剖腹切開子宮壁挖除肌瘤。近年來常在宮腔鏡下進行手術。