1.內穩態失衡 十二指腸外瘺發生以后，腸液大量丟失，其排出量>1000ml/24h，流量大者每天可達5000～6000ml。此時循環血量嚴重不足，電解質和酸堿度失衡。
2.出血 腹腔內出血是腸外瘺特別是十二指腸瘺和高位空腸瘺的早期并發癥。出血的部位可以是腹腔內被腐蝕消化的血管，也可能是腸瘺口緣、瘺管肉芽組織，還有可能因胃腸道應激性黏膜糜爛引起出血。
3.感染 腹腔感染及全身感染是腸外瘺病人死亡的主要原因。腹腔感染包括腹膜炎、腹腔膿腫和腹腔內臟器感染。早期以腹膜炎為主，中后期以腹腔膿腫和腹腔內臟器感染為主。有些病人的腸瘺就是在原有腹腔內感染的基礎上發生的，腸瘺與腹腔內感染同時存在，形成惡性循環，如重癥胰腺炎并發的腸外瘺。
4.營養不良 消化液丟失致食物消化不完全，營養吸收不良。
