根據臨床表現、真菌學檢查，亦可結合組織病理發現特征性病原菌可確定診斷。
1.巴西芽生菌病為地方真菌病，病人常有流行區的居留史。
2.肺部感染者，伴有經久不愈的皮膚潰瘍和淋巴結腫大，或多系統受累時需考慮本病的可能。
3.皮膚巴西芽生菌病的診斷比較容易，主要是找到病原菌。
