甲狀舌管囊腫手術切除后可有一定的復發率，有研究報道Sistrunk手術的術后復發率為3%～5%，但也有報道稱復發率高達26.9%。術后復發者其再次復發率可達33%。大部分為乳頭狀癌，也有濾泡狀癌、鱗癌等。但關于其來源仍有爭議，有人認為是隱匿性甲狀腺癌擴散而來，也有人認為是起源于甲狀舌管囊腫壁內的異位甲狀腺組織。
