最常用的根治方法是局麻下手術切除。皮脂腺囊腫是體表小腫物，手術簡單，在門診即可進行。應當盡量完整地摘除，不殘留囊壁，否則易復發。由于皮脂腺囊腫多發生于面部，故手術切除時應考慮到美容效果，可采用小切口切除面頸部皮脂腺囊腫，皮膚在無張力下縫合，可避免切開瘢痕生長，以達到美觀效果。
術前有感染及手術后為控制炎癥，均要適當使用抗生素類藥物。已合并感染的皮脂腺囊腫應在感染控制后再手術切除病灶。對于局部感染不能控制或已經合并膿腫者應切開引流。
CO2激光、電離子微創法被認為是治療無合并感染的囊腫的好方法，由于其操作簡單，切口小，出血少，不用縫合，幾乎不留瘢痕，復發率低，尤其適合于顏面部皮脂腺囊腫的治療。