嗜酸性粒細胞性胃腸炎在胃腸道浸潤甚廣，可從咽部至直腸，其中以胃和小腸最多見。按浸潤范圍可分為局限或彌漫型。局限型以胃竇部最多見，肉眼所見為堅實或橡皮樣、平滑、無蒂或有蒂的息肉狀腫塊，突入腔內可導致幽門梗阻。彌溫型往往僅引起粘膜水腫、充血、增厚，偶見淺表潰瘍和糜爛。腸道病變多為彌溫型，受累腸壁水腫、增厚、漿膜面失去光澤、有纖維滲出物覆蓋。
組織學特點包括：
1、由纖維母細胞與膠原纖維所構成的粘膜下基質水腫；
2、基質有大量嗜酸粒細胞和淋巴細胞浸潤，可同時伴有巨噬細胞、巨細胞或組織細胞浸潤；
3、粘膜下血管、淋巴管、肌層、漿膜和腸系膜淋巴結均可受累，伴有粘膜潰瘍與有蒂或無蒂的肉芽腫。嗜酸粒細胞浸潤可僅局限于胃腸壁，亦可呈穿壁性。
klein根據嗜酸粒細胞浸潤胃腸壁的程度分為：1.粘膜病變型：粘膜內大量嗜酸粒細胞浸潤，伴明顯的上皮細胞異常，腸絨毛可完全消失，導致失血、缺鐵、吸收不良和蛋白丟失等；2.肌層病變型：浸潤以肌層為主，胃腸壁增厚，呈結節狀，導致狹窄與梗阻塞；3.漿膜病變型：浸潤以漿膜為主，漿膜增厚，并可累及腸系膜淋巴結，有腹水形成。