現代醫學認為，復發性阿弗他潰瘍首先與免疫有著很密切的關系。有的患者表現為免疫缺陷，有的患者則表現為自身免疫反應；其次是與遺傳有關系，在臨床中，復發性阿弗他潰瘍的發病，有明顯的家族遺傳傾向，父母一方或多方若患有復發性阿弗他潰瘍，他們的子女就比一般人更容易患病；另外，復發性阿弗他潰瘍的發作，還與一些疾病或癥狀有關，比如消化系統疾病：胃潰瘍、十二指腸潰瘍、慢性或遷延性肝炎、結腸炎等，另外偏食、消化不良、發熱、睡眠不足、過度疲勞、工作壓力大、月經周期的改變等等。隨著一種或多種因素的活躍、交替出現機體免疫力下降，致使復發性阿弗他潰瘍的頻繁發作。