1.局部使用抗真菌藥物治療，如多烯類（匹馬霉素、兩性霉素B）、唑類（氟康唑）、嘧啶類。一般根據臨床特征和角膜刮片結果確診為真菌感染即可開始藥物治療，根據真菌培養結果應進一步調整用藥。感染明顯控制后可逐漸減少使用次數，如果病情較重，可增加其他給藥方式，可結膜下注射，也可全身使用抗真菌藥物靜脈滴注。同時仔細觀察臨床特征，評估療效，藥物起效體征包括疼痛減輕、侵潤范圍縮小、衛星灶消失、潰瘍邊緣圓鈍等。
治療過程中注意藥物的眼表毒性，包括結膜充血、水腫、點狀上皮脫落等，起效后藥物治療應至少持續6周。
2.對并發虹膜睫狀體炎者，應使用阿托品滴眼劑或眼膏散瞳，不宜使用糖皮質激素。即使診斷明確、用藥及時，也有患者病情不能控制，這可能和致病真菌侵襲性、毒性、耐藥性以及患者伴發的炎癥反應強烈有關，此時需考慮手術治療，包括清創術、結膜瓣遮蓋術和角膜移植術。
3.原則上感染沒有到達后彈力層者，應首先考慮板層角膜移植。一般依據下列4種情況判斷術前、術中感染未穿透后彈力層：①裂隙燈顯微鏡檢查未浸潤到后彈力層；②無內皮斑；③前房積膿少，不與病變區的內皮面連接；④術中剝到鄰近后彈力層時沒有明顯病灶和內皮斑。一旦藥物治療無效且感染深達全層、角膜感染穿孔、角膜板層移植后復發，即行穿透性角膜移植。
